一宅两户宅基地确权发证的办法为:如果农民的一户多宅是基于转让、赠予的，即使是一户多宅也是要允许土地确权的。这是农民的合法权益。如果是农民非法占用村集体土地，擅自随意建造房屋，而形成一户多宅，对于非法占有的，要全部没收。法律依据：《中华人民共和国土地管理法》 第六十二条 农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。农村村民建住宅，应当符合乡(镇)土地利用总体规划，并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。
农村村民住宅用地，经乡(镇)人民政府审核，由县级人民政府批准中，涉及占用农用地的，依照本法第四十四条的规定办理审批手续。农村村民出卖、出租住房后，再申请宅基地的，不予批准。
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农村村民住宅用地，经乡(镇)人民政府审核，由县级人民政府批准中，涉及占用农用地的，依照本法第四十四条的规定办理审批手续。农村村民出卖、出租住房后，再申请宅基地的，不予批准。
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1、申请：由村民向本辖区内国土资源所(或国土资源分局)提出书面申请；
2、权属审核：各国土资源所(分局)进行土地登记资料的初审，县国土资源局审核；经审核无异议的，以国土资源局名义发布公告，公告时间不少于7日；公告到期后，统一报请县人民政府审批；
3、注册登记：填写《土地登记卡》和《共用宗土地登记卡目录》，填写《土地归户卡》，组装《土地登记簿》，并进行材料归档；
4、颁发证书。法律依据：《土地管理法》第十二条土地的所有权和使用权的登记，依照有关不动产登记的法律、行政法规执行。依法登记的土地的所有权和使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。